Rise of the Ninja: Dark War menggabungkan elemen dari semesta anime Naruto dengan gameplay MOBA dalam pertempuran yang mengasyikkan. Pemain dapat memilih dari lebih 50 karakter untuk membentuk tim yang terdiri hingga tiga petarung, termasuk ninja, bajak laut, dan sayajin.
Setiap petarung memiliki skill unik dan disarankan untuk membangun tim dengan karakter yang saling melengkapi untuk memanfaatkan titik lemah lawan. Pertarungan berakhir saat semua anggota tim dikalahkan.
Rise of the Ninja: Dark War menawarkan pertandingan 3v3, dengan kemungkinan untuk bermain online atau offline.
Bagian bawah layar menampilkan dua tombol: tombol di kiri memungkinkan Anda untuk maju melalui adegan, sedangkan tombol di kanan mengaktifkan gerakan khusus.