Hewan berkantung paling terkenal di hutan telah kembali dan mengandalkan bantuan yang terinspirasi dari saudara perempuan Coco untuk mengakhiri semua rencana jahat Dr. Neo Cortex, penjahat yang bertanggung jawab atas makhluk mutan yang bermaksud memperbudak semua dimensi dunia.
Seperti dalam permainan sebelumnya, karakter harus berlari melewati hutan pada paltform yang penuh dengan bahan peledak, menghadapi musuh yang kejam dan makhluk raksasa yang merusak segalanya untuk mencapai level selanjutnya.
Gim ini menampilkan mode JCE di mana pemain mengontrol pangkalan Coco dan dapat membuka kunci bangunan baru, membuat senjata, dan mengumpulkan sumber daya untuk meningkatkannya.